Dahulu Madrasah Ibtidaiyah Negeri Ciputat adalah sebuah yayasan yang bergerak di bidang pendidikan dengan nama Daar el-Magfiroh. Berdiri pada tahun 1983. Kemudian pada tahun 1991 sebagian tanah yayasan di hibahkan kepada negara untuk dibangun sebuah Madrasah yang berdiri sampai saat ini. Dengan pimpinan pada saat itu Drs. Muhady. Kemudian pada tahun 2007 digantikan oleh Dra. Hj. Rohmah Sarmala. Dan kemudian pada tahun 2009 digantikan oleh Dra. Inti Farhati, MA. Seiiring dengan berakhirnya masa kerja pimpinan pada saat itu maka pada tahun 2014 digantikan oleh Dra. Hj. Ratu Rohimah, M.Pd sampai dengan sekarang.

Pada tahun 2009 MIN Ciputat membuka program kelas Bilingual dengan tujuan untuk lebih memaksimalkan pelayanan prima kepada Masyarakat serta menyediakan program-program unggulan dalam bidang Bahasa Inggris. Pada Tanggal 18 November 2015 MIN Ciputat berubah Namanya menjadi MIN 1 KOTA TANGERANG SELATAN sesuai dengan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 371 Tahun 2015 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Banten.

Profil Kepala Madrasah dari tahun 1991 hingga sekarang:

Nama : Drs. Muhady

TTL : Tangerang, 12 Juli 1951

Masa Jabatan : 1991 s/d 2007

Nama : Dra. Hj. Rohmah Sarmala

TTL : Serang, 06 Juni 1949

Masa Jabatan : 2007 s/d 2009

Nama : Dra. Inti Farhati, MA

TTL : Pemalang, 20 Desember 1970

Masa Jabatan : 2009 s/d 2014

Nama : Dra. Hj. Ratu Rohimah, M.Pd

TTL : Serang, 28 Agustus 1964

Masa jabatan : 2014 s.d Sekarang